Die Abteilung Fußball besteht seit 1950 und ist die größte Abteilung im Mecklenburger SV. Schon drei Jahre nach Gründung konnte die Erste Mannschaft die Meisterschaft in der Kreisklasse feiern. 1963 wurde sogar um die Aufstiegsberechtigung für die DDR-Liga (zweite Liga) gespielt. Der größte Erfolg war der Gewinn des DDR-Pokals „Goldener Traktor“ im Jahre 1969.

Nach einem sportlichen Niedergang bis in die Mitte der 80ziger Jahre konnte dann wieder an alte Glanzleistungen angeknüpft werden. Von der Kreisklasse bis in die Verbandsliga ging die sensationelle Meisterreise. Zur Jahrtausendwende spielte die 1. Mannschaft noch in der zweithöchsten Liga in Mecklenburg-Vorpommern, danach begann jedoch erneut ein sportlicher Niedergang, der 2017 mit dem Abstieg auf die Kreisebene bis heute andauert.

Die Abteilung Fußball stellt aktuell fast die Hälfte aller aktiven Mitglieder im Verein.